如不可处，则于常礼之外，少加优借以鼓舞之。（书牍一《与蓟辽总督谭二华》）
戚帅以总理改总兵，诚为贬损！缘渠当仆以书相问之时，不急以此意告我，而本兵又仓卒题复，故处之未尽其宜，然及今尚可为也，望公于议疏中，委曲为言。不但体面降抑，为下所轻，且督、抚标兵皆欲付之训练，若不兼总理，何以行便？乞特致一书于阁中二公及虞坡、思斋，仆得从中赞之，更易为力也。倘得如意，当于敕书中增之，其关防当改铸矣。（同卷《又与蓟辽总督谭二华》）
戚帅复总理，不载疏中，谅公有难言者，已据部疏，拟特旨行之，即有言者，无足虑矣。（同卷《与蓟辽总督》）
向有人告仆云，“戚帅求望太过，志意太奢，虽公亦甚苦之。”故仆以为问。今奉来教，知昔之所以怏怏者，徒以削其总理旧衔耳。今既力为光复，更将何求？近屡得渠禀帖，极为感奋，颇务收拾人心，渐图实事，仍望公时时教督之！虽然，仆何私于戚哉？独以此辈国之爪牙，不少优假，无以得其死力。今西北诸将如赵、马辈，仆亦曲意厚抚之，凡皆以为国家耳。缕缕之忠，惟天可鉴，若此辈不为国家尽力，是负天矣！郭琥之贤，诚如来教，即召至，面谕以公相知之意。嗟乎，人诚难知，知人亦未易也。（同卷《与蓟辽督抚》）
“阁中二老”指李春芳、陈以勤，虞坡是吏部尚书杨博，思斋是兵部尚书霍冀。蓟镇底事情和吏部无涉，但是因为杨博是中枢的军事专家，当然要听取他底意见。从一切的布置里，看出居正对于继光，是怎样地维护。谭纶不便申请，终于由居正用特旨改蓟州镇总兵官为总理练兵事务，兼镇守。（见万历《明会典》卷一二六，《明史·戚继光传》不载。）这是隆庆二年的事。居正与谭纶书，称“但乞谕意戚帅，努力功名以答群望，仆亦与有光焉。”（书牍一《与蓟辽总督》）又说“戚帅不知近日举动何如？折节以下士夫，省文以期实效，坦怀以合暌贰，正己以振威稜，乃渠今日最切务也。相见幸一勉之。”（同卷）其后一般的议论，对于继光，还是认为人地不宜，居正尽力调护，《与凌参政书》又称“戚之声名，虽著于南土，然观其才智，似亦非泥于一局，而不知变者。且既已被镇守之命，有封疆之责，岂宜别有注画乎？今人方以此窥戚之衅，恐不知者又将以为口实也。公如爱戚，惟调适众情，消弭浮议，使之得少展布，即有裨于国家矣。”（书牍一《答凌参政》）凌参政是凌云翼，居正底同年进士。继光镇守蓟州十六年的当中，虽然没有赫赫的战绩，但是整个的北边，从此安静，这是继光底大功，当然也是居正底大功。
居正对于北边的关心，真是无微不至。谭纶提议增筑敌台，居正立即答复：
昨议增筑敌台，实设险守要之长策，本兵即拟复行。但据大疏谓一台须五十人守之，则千台当五万人矣。不知此五万人者，即以摆守者聚而守之乎？抑别有增益乎？聚则乘垣者无人，增则见兵止有此数，不知又当何处也？又四面周广，才一丈二尺，虽是收顶之式，度其根脚，当亦不过倍此数耳。以五十人周旋于内，一切守御之具，与士卒衣粮薪水之类，充牣其中，无乃太狭乎？便中仍望见教。（书牍一《又与蓟辽总管谭二华》）
关于蓟镇军粮之事，他又说过：
仆近访得蓟镇军粮，有关支于一二百里之外者，士卒甚以为苦。夫以数口之家，仰给于一石之粟，支放不时，斗斛不足，而又使之候支于数百里之外，往返道路，雇倩负戴，费将谁出？是名虽一石，其实不过八九斗止矣！况近日又有“抚赏”、“采柴”等项名色，颇出其中，如是欲士皆饱食，折冲御侮，能乎？闻旧制，各区随在皆有仓口，该官守支。今各仓廒或颇圯坏，而其制犹有，其官犹在，独不可并廒修理，就近坐派乎？此事不必疏请，但与管粮郎中一计处可也。（书牍一《与蓟辽督抚》）
大致因为居正和谭纶关系较深，所以对于蓟辽方面的书牍特多；但是对于宣大方面，他并没有忽略，所以又说：
近来边臣，人思奋励，而宣、大二镇，督抚将领，尤为得人。仆以浅薄，谬膺重寄，其于该镇之事，苦心积虑，虽寝食未尝忘也。奈何人心不同，议论不一，如马、赵二帅去岁出塞之功，实数年仅见，即破格优赉，岂足为过？而人犹有议其功微赏厚者！本兵遂慉缩疑畏，而不敢为之主，其掩春防之功，抑王公之请，咸以是耳！一、二年来，言者率云“责实，责实”矣，而又不明赏罚以励之，则人孰肯冒死犯难，为国家用哉？辱教，容与本兵议之。督、抚宽洪持重，王公明达敏练，马之沈勇，赵之才气，皆仆素所敬信者。文武辑睦，事乃克济，不知云中事体，得如宣镇否也？（书牍一《与蓟镇巡抚》）
督、抚指宣大总督陈其学，宣府巡抚王遴，马、赵指宣府总兵马芳，大同总兵赵岢。本兵即兵部尚书霍冀，“慉缩疑畏”，当然是他一贯的作风。隆庆二年以来，国防的重任，都落在居正底肩头。也许他想到几个分担责任的大臣，但是时机还早，一切还得等待。
隆庆二年十二月，废辽王宪【火节】。本来隆庆元年，御史陈省弹劾宪【火节】，诏令削去清微忠教真人名号，事情还很简单。二年巡按御史郜光先再劾宪【火节】十三罪，穆宗派刑部侍郎洪朝选彻查。宪【火节】倘是崇信道教的，不妨等待皇天上帝底保佑，但是他来不及等待，也不敢相信洪侍郎底彻查，有什么有利的报告。现在他是四十四岁的人了，但是他还年青，他爱游戏，爱女人，一切的生活，久已戏剧化了，也许他想起《窦娥冤血洒旛竿》这一类的杂剧。“管他呢，”他想，“不妨试一试。”他树起一面白旗，写着“讼冤之纛”四个大字。这一来事情便不简单了。按察副使施笃臣正在江陵，认定辽王造反，立刻调军遣将，五百个兵士，整整把辽王府围住，直待刑部侍郎底光临。“讼冤”不成，惹上造反的大冤，据说笃臣平时和辽王不和，所以趁此陷害。
造反要有造反底气魄，也要有造反底布置。宪【火节】只是一个贵族的无赖，他底布置也只有一面白旗，这是什么造反呢？洪朝选一看便明白了，在他底复奏里，他指实宪【火节】淫酗暴虐，甚至也指实宪【火节】僭拟不法，但是他没有说到宪【火节】造反。朝选只把事实奏明，伏候皇上底圣裁。诏书降下了，宪【火节】废为庶人，禁锢高墙，同时废辽王，所有辽府诸宗，一概改属楚王管辖，由广元王管理辽府事。这件大案解决以后，大家都指目居正。居正还记得他底祖父张镇底死吧，处分也太严厉了一点。三十一年以前的预言没有错，宪【火节】终于给居正牵着鼻子走！但是事情还不止这样。万历十年，居正死了；宪【火节】底次妃王氏还在，她看到御史羊可立正在追论居正，于是出面讼冤，指实居正公报私仇，成为居正身后抄家的张本。经过这个挫折以后，议论更多了。有的说居正因为羡慕辽府壮丽，所以陷害辽王。有的又说居正因为洪朝选不肯诬报辽王造反，所以万历八年吩咐福建巡抚劳堪，陷害朝选，朝选下狱，绝了三天饮食，死在狱中。一切只是传说，不可尽信。康熙十二年，居正曾孙同奎进京，请求删正，《明史·张居正传》底记载因此修正了，但是《辽王传》、（《明史》卷一一七）《孙玮传》，（《明史》卷二四一）还留下不可磨灭的叙述。从嘉靖十六年起到乾隆四年《明史》完成为止，首尾二百零三年，这一件公案还没有确定。倘使毛妃看到这老远的将来，也许她在两个十三岁的孩子中间，不种下这样的祸根。
隆庆三年的几件大事：第一，赵贞吉入阁；第二，大阅；第三，高拱再入阁。
贞吉、内江人，和南充人陈以勤同乡，但是科名却早了两科，他是嘉靖十四年进士，所以不但二十六年的进士李春芳和张居正是他底后辈，连二十年的进士陈以勤也是后辈。他有才具，有气魄。嘉靖二十九年，俺答围困京城，要求“入贡”的时候，大家正在束手无策，第一个反对的是他。这一次贞吉出了名，也因为这一次，受到严嵩底嫉忌，贬为荔波典史。以后他又慢慢地升起来，隆庆初年，他做到礼部左侍郎，廷推南京礼部尚书。明代，南京和北京一样，也有六部，有尚书、侍郎，可是南京官没有实权，只是一种养老的位置。穆宗看到贞吉议论侃侃，把他留下。隆庆三年八月，命为礼部尚书，兼文渊阁大学士。贞吉入阁以后便有一番规模。他谢恩的时候，指出朝纲边务，一概废弛，准备拼此一身，整顿国事。他和兵部尚书霍冀发生冲突，隆庆四年二月，霍冀解职，这是后话。贞吉底才具是有的，热心报国也是真的，但是他是六十以外的人了，眼看内阁里的同僚都是自己底后辈，一切的举措，难免带些傲慢的心理，因此引起一般的怨恨。居正觉得贞吉可厌，同时也难兔觉得他可笑。后来万历二年，他和宣府巡抚吴兑说：“因忆前隆庆庚午，宣大忽报西虏犯蓟，蓟人侦探者，因遂称见虏已西行，犯在旦夕。各路之兵，婴墙摆守，京师亦为之戒严。庙堂皇皇，即议守城之策。是时内江方幸虏之来，以信其言，兴化不能主持，举错纷纷，皆极可笑，而虏终无影响，防守一月见罢，费以数十万计。”（书牍六《答蓟镇吴环洲料虏虚报进赏》按吴兑为蓟辽总督事在万历九年蓟镇二字误题。）庚午为隆庆四年，内江、兴化指赵贞吉、李春芳。